A UNIVATES, através dos programas de mestrado, busca atender a objetivos institucionais maiores: inserção da IES nas questões de desenvolvimento regional do Vale do Taquari. O cursos são uma conquista que comprova a consolidação de uma área em que a UNIVATES já possui uma história traçada.
| Mestrado em Biotecnologia | |
| Mestrado e Doutorado em Ambiente e Desenvolvimento | |
| Mestrado Profissional em Ensino de Ciências Exatas | |