A coleção zoológica do MCN/Univates é constituída por acervos das tipologias didática e científica.

O acervo didático é utilizado nas atividades docentes dos cursos das Ciências Biológicas e da Saúde, nos estágios curriculares obrigatórios dos alunos da graduação, em atividades dos professores de escolas da região e ainda, na sala de exposições do Museu. De material biológico didático o MCN dispõe de coleções de artrópodes, equinodermos, moluscos, nematoides, peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos.

O acervo científico é de uso restrito, sendo utilizado apenas em pesquisas e produção de conhecimento científico. Este acervo é constituído por artrópodes, peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos.

A coleção de peixes, anfíbios, répteis e aves pode ser acessada no Sistema Brasileiro de Biodiversidade.