As principais linhas de pesquisa do laboratório de Acarologia são Biotecnologia na produção primária de alimentos, tecnologia e ambiente, ecologia, bases ecológicas para o licenciamento ambiental e eficiência produtiva na agroindústria.
O Laboratório de Arqueologia do Museu de Ciências Univates é um espaço dedicado à pesquisa e ao estudo do patrimônio arqueológico e histórico brasileiro, com foco em arqueologia, história ambiental e educação patrimonial.
No laboratório de Botânica são realizadas pesquisas nas áreas de ecologia vegetal e propagação de plantas.
A linha de atuação do laboratório de Ecologia e Evolução do Museu de Ciências Univates compreende o estudo da dinâmica populacional de taxocenoses animais e ecologia de comunidades.
O Laboratório de Paleobotânica e Evolução de Biomas tem como foco principal o estudo de paleofloras e paleoambientes gondwânicos, integrando abordagens taxonômicas, morfoanatômicas e paleoecológicas a partir da análise de fitofósseis provenientes da América do Sul, América Central, África, Austrália e Antártica.