O Programa de Residências Médicas da Univates, como os programas habilitados pelo Conselho Nacional de Residências Médicas - CNRM, busca aperfeiçoar e tornar os médicos especialistas na área de atuação escolhida.

Os residentes da Univates contam com o acompanhamento de médicos, preceptores e professores do curso de Medicina da Univates, além de profissionais das Unidades de Saúde conveniadas à instituição, buscando sempre a melhor qualidade do ensino/aprendizado.

Além disso o Conselho de Residência Médica - COREME - da Univates, coordena atualmente quatro programas aprovados pelo CNRM e que estão em andamento, são eles:
- Medicina de Emergência com 02 vagas anuais e duração de 03 anos;
- Medicina de Família e Comunidade com 01 vaga anual e duração de 02 anos;
- Ginecologia e Obstetrícia com 02 vagas anuais e duração de 03 anos;
- Clínica Médica com 02 vagas anuais e duração de 02 anos;