O Laboratório de Microscopia é equipado com 32 microscópios, permitindo a visualização de lâminas de amostras preparadas pelos alunos. Conta também com um acervo de lâminas parasitológicas, hematológicas, histológicas e microbiológicas, que contribuem para o estudo de diversas disciplinas clínicas. O laboratório é utilizado por professores e/ou alunos em aulas práticas, trabalhos de conclusão de curso e projetos de pesquisa, com capacidade para trinta e dois acadêmicos.