Os biodigestores são uma tecnologia nem tão recente, do século XIX, mas que ficaram em desuso por muito tempo pela crença equivocada que combustíveis fósseis fossem inesgotáveis. Foi só na década de 1940, durante a II Guerra Mundial, que eles voltaram a ser utilizados em maior escala. No Brasil, um dos primeiros biodigestores foi montado na Granja do Torto, uma das residências da Presidência da República, no final da década de 1970. Por produzir biogás a partir de resíduos e de forma barata, o equipamento foi utilizado em algumas regiões, mas logo caiu em desuso pela falta de informação e treinamento dos produtores rurais.
A utilização do equipamento no País voltou a acontecer mais recentemente com a demanda por energias mais limpas. Pesquisas como as realizadas na Universidade do Vale do Taquari - Univates têm contribuído para maximizar a eficiência de biodigestores.
